A detta di Jiraiya l'abilità del Rinnegan è sempre stata considerata una leggenda, poichè posseduta dal Saggio dei Sei Sentieri (Rikudo Sennin) che, insieme ai suoi seguaci, è stato l'iniziatore delle arti ninja, il creatore di tutte le tecniche di base del mondo dei ninja. Sempre secondo Jiraiya si diceva che prima o poi sarebbe stato mandato dall'empireo qualcuno dotato di quegli occhi, il quale avrebbe portato la pace o la distruzione nel mondo dei ninja. Il Rinnegan possiede una strana conformazione ottica, ovvero sei iridi concentriche nere in una sola pupilla con la congiuntiva completamente coperta o inesistente e fra i tre Doujutsu principali (Rinnegan, Sharingan e Byakugan) è quello più potente. I poteri dell'occhio sono in parte probabilmente ancora sconosciuti, se non la metempsicosi - ovvero la capacità di far trasmigrare l'anima - che utilizza per controllare i cadaveri. Il potere del Rinnegan è incredibile: Nagato, ancora bambino, senza conoscere alcun arte ninja, sfruttando solo il potere del Doujutsu appena sbloccato per salvare Yahiko, riesce ad uccidere un Chunin della Roccia. Il Doujutsu, inoltre, dona il controllo su tutti e cinque gli elementi (e, a detta di Jiraiya, anche su uno ancora sconosciuto) e permette ogni manipolazione della forma: potenzialmente, quindi, si è in grado di creare, apprendere o potenziare qualsiasi Jutsu si desideri (infatti Nagato, dopo i due anni di allenamento con Jiraiya, a soli dieci anni, possedeva già un arsenale di Jutsu di qualsiasi tipo e manipolazione).

Corpi
Nagato è in grado di controllare Sei Corpi anche a molti metri di distanza, i quali assumono il nome di Pain (dall'inglese, dolore). Ogni corpo ha aspetto e fisicità differente ma tutti riportano dei tratti uguali: I capelli arancioni, i piercing - i quali fungono da ricettori per il Chakra di Nagato - e gli occhi del Rinnegan (tratti uguali che, capelli esclusi, mostrano anche le evocazioni del corpo del Regno Animale). Il Rinnegan, inoltre, permette di avere sei punti di vista differenti ed in uno scontro ciò si dimostra molto utile, poichè permette ai corpi di evitare moltissimi attacchi ed eccellere in molte arti. Grazie alle abilità dei corpi e dei suoi occhi, quindi, Pain viene definito dai ninja del Villaggio della Pioggia un Dio che non ha mai perso uno scontro (da solo, infatti, è riuscito ad uccidere Hanzou e tutti i suoi seguaci. In passato, Hanzou, era riuscito da solo a piegare i tre ninja Leggendari di Konoha). Il Rinnegan è un riferimento alla tradizione buddista del ciclo della trasmigrazione, che avviene in Sei Mondi ultraterreni che ognuno dei corpi di Pain rappresenta.
Deva - Mondo Divino
Ashura - Mondo Demoniaco
Preta - Mondo degli Spiriti Divoratori
Naraka - Mondo Infernale
Tiryag-Yoni - Mondo Animale
Mansuya - Mondo Umano

Deva

Prima apparizione: Capitolo 238 (Ologramma) - Capitolo 363
                                    Episodio 135 (Sagoma)
Potere: Controllo della gravità
Deva è il primo corpo di Pain che ci viene mostrato, inizialmente come ologramma nella base di Akatsuki (fine della prima serie, estrazione di Shukaku da Gaara, Saga di Hidan e Kakuzu e così via). Questo è il corpo di Yahiko, amico di Nagato e Konan e probabilmente morto durante la guerra mondiale ninja. Questo corpo porta i capelli di media lunghezza, più o meno come lo stile dei capelli di Naruto e Minato, sette borchie e una barra di metallo su ogni orecchio, tre piercing su ogni estremità del suo naso ed altre due borchie sulle estremità del labbro inferiore. A differenza degli altri corpi sembra saper utilizzare diversi Ninjutsu (ovvero la tecnica del confinamento: sigillo dei nove draghi, telepatia mostrata con Kakuzu ed Hidan, la tecnica mutaforma, utilizzata contro Kakashi per creare un finto Itachi e contro Gai per un finto Kisame e la tecnica dei cinque sigilli, utilizzata contro il Team Gai). Inoltre questo corpo sembra aver conservato la manipolazione elementale del Suiton di Yahiko: difatti è in grado di creare una tecnica con la quale genera la pioggia e, in questa, è in grado di riconoscere qualsiasi ninja vi entri all'interno, ottenendone subito un analisi dettagliata sulla forza e sul Chakra, potendo in questo modo prepararsi meglio al combattimento. Il suo potere è quello di manipolare a piacimento la gravità e difatti possiede due tecniche che gli permettono di attrarre e respingere, rispettivamente Banshou Tenin e Shinra Tensei. Questa capacità gli permette quindi di attrarre a se i nemici per finirli come meglio desidera (vedesi Kakashi e Fukasaku, ad esempio) oppure gli permette di annullare qualsiasi attacco respingendolo via (riesce persino a rendere inutile il Fuuton Rasenshuriken ultimato lanciatogli contro da Naruto). Però non può utilizzare i suoi poteri in rapida successione, infatti è impossibilitato ad utilizzarli per un tempo che cambia a seconda della potenza del colpo; difatti quando utilizza lo Shinra Tensei alla sua massima potenza accorcia la vita di Nagato e concentra su di se fin troppo Chakra, rendendo inutilizzabili i corpi per qualche secondo - o minuto - e non riesce ad utilizzare il controllo sulla gravità per un certo lungo periodo di tempo (poco più di 5 minuti, forse 8 o 10).

Ashura

Prima apparizione: Capitolo 379
Potere: Corpo da Cyborg
Ashura è uno degli ultimi corpi di Pain che ci viene mostrato durante lo scontro con Jiraiya ed è quello che, utilizzando la stessa arma del Sennin, taglia di netto un braccio a questo, dando così il via alla fine del combattimento ed al trionfo totale di Pain. Questo è il corpo di un uomo alto, calvo e con un collo molto spesso che, come per gli altri corpi, Jiraiya conosceva in vita. Ha un gigantesco piercing incastonato verticalmente sul suo naso, sei borchie che gli circondano la testa, una borchia per zigomo, tre borchie sulla parte superiore e inferiore di ciascuna delle sue braccia ed un enorme picco verticale sul mento. Stranamente il suo volto è sempre sorridente, cosa che non accade negli altri corpi del Rinnegan. Il corpo ha un funzionamento interno completamente robotizzato ed un aspetto disumano, come se fosse un cyborg. Infatti tramite una tecnica gli spuntano altre braccia, arrivando a sei, una lama dentata che può utilizzare come coda e tre volti, ognuno con un'emozione diversa: felice, arrabbiato e neutrale. Può sparare come un proiettile il suo avambraccio sinistro, lanciare bombe dal braccio destro ed aprire la sua testa a spicchi per rilasciare una gigantesca esplosione ed estendere a piacimento la sua coda seghettata.

Preta

Prima apparizione: Capitolo 376
Potere: Assorbimento del Chakra
Preta è uno dei primi corpi che compare durante lo scontro con Jiraiya, poichè viene evocato insieme a Mansuya dal corpo evocatore che non riusciva a sostenere uno scontro contro il Senjutsu. Questo è il corpo di uomo grasso, con sei piercing che coprono tutto il suo labbro inferiore, due sulla parte anteriore del suo naso, due per ogni guancia, una barra di metallo che passa per ogni orecchio, uno per ogni spalla uno su ciascun lato vicino al suo collo. Originariamente era un ninja appartenente al piccolo Villaggio dell'Erba, in vita conosciuto da Jiraiya. Il suo potere è principalmente quello di assorbire i Ninjutsu avversari, come avviene in fretta con la tecnica Katon mastodontica di Jiraiya e, successivamente, con il Rasengan Supremo. Questo potere può anche manifestarsi come una bolla che circonda il corpo, permettendogli così di assorbire attacchi da ogni direzione. A Konoha, infatti, funziona benissimo come diversivo, tenendo impegnati un gran numero di ninja e costringendoli a far uso solo sulle arti marziali. Nel capitolo 434, inoltre, si scopre che può assorbire il Chakra dal corpo dei ninja, come accade con Naruto, che viene svuotato di tutto il suo Chakra: assorbendo però il Chakra del Senjutsu viene tramutato in rospo di pietra, venendo così distrutto definitivamente.

Naraka

Prima apparizione: Capitolo 379
Potere: Richiamo di Enma, Dio degli Inferi
Naraka è l'ultimo corpo che viene mostrato nello scontro con Jiraiya insieme a Deva, non ancora evocato ed utilizzato nello scontro con il Sennin ma già conosciuto. Questo è il corpo di un uomo molto alto e muscoloso con un taglio di capelli simile a quello di Kisame, con tre piercing a forma di spuntoni su ogni orecchio, un piercing sulla parte superiore del naso, un perno su ogni spalla, vicino al collo, e una fila di borchie in diagonale verso il basso su ogni guancia. Come tutti gli altri corpi in vita ha incontrato Jiraiya. Nello scontro con Jiraiya resuscita subito i tre corpi distrutti dal Sennin e poi i suoi poteri iniziano a venirci mostrati nello scontro a Konoha: sembra poter evocare una bestia degli inferi, probabilmente ispirata ad Enma della mitologia giapponese, la quale appare circondata da fiamme nere: Solo chi viene toccato da Naraka e quindi interrogato da questo può vedere questa speciale evocazione. Naraka pone una domanda alle sue vittime e se la risposta è sincera il nemico verrà risparmiato, però esausto; in caso contrario, invece, in caso di risposta falsa dalla bocca di Enma escono delle mani formate da energia spirituale le quali strappano la forza vitale dal corpo della vittima, uccidendola. Sembra essere abbastanza forte ed anche parecchio resistente, dato che resiste al Mini-Rasengan utilizzato da Konohamaru senza riportare alcun danno, nonostante il Jutsu l'avesse colpito in pieno.

Tiryag-Yoni

Prima apparizione: Capitolo 371 (Vecchio corpo) - Capitolo 407 (nuovo corpo)
Potere: Tecnica del Richiamo
Tiryag-Yoni è il primo corpo che ci viene mostrato nello scontro di Jiraiya ed è il secondo corpo di Pain che ci viene mostrato. Il corpo che ha combattuto contro Jiraiya era caratterizzato da una lunga coda di cavallo e di un grande piercing, a forma di ponte, che gli attraversa il naso da guancia a guancia, uno nella parte superiore del naso, e sei borchie sul mento. Si diceva che Pain facesse parte del Clan Fuuma solo perchè questo corpo era appartenente ad un ninja di quel Clan, in vita scontratosi con Jiraiya, uscendone perdente e con un grosso taglio sulla fronte, che Jiraiya scopre a fine scontro, uccidendolo per la seconda volta, facendolo poi portare a Konoha per farlo esaminare, dove scoprono la presenza di nuovi piercing sull'addome. Dopo la morte del primo corpo Nagato lo sostituisce con un uno nuovo, confermando così che i poteri derivano dal Rinnegan e non dai ninja quando erano in vita. Questo corpo è di aspetto molto giovane e, a differenza degli altri corpi, è stato originariamente di sesso femminile. Porta i capelli legati insieme in una sorta di cipolla e alcuni ciuffi dei capelli sporgono fuori da essa. Ha un piecing sopra il naso, borchie su entrambi i lati del collo, una fila di borchie che scendono verticalmente su ogni guancia, e due su ogni avambraccio. Il potere di questo corpo è quello di evocare animali di dimensioni gigantesche, dotati anch'essi di Rinnegan e piercing.

Mansuya

Prima apparizione: Capitolo 376
Potere: Strappa Anima
Mansuya viene evocato dal corpo evocatore alla fine del Capitolo 376, insieme al corpo Preta. Questo è il corpo di un uomo alto e snello con capelli molto lunghi e sciolti, una barra diagonale che gli attraversa il naso, due borchie verticali su ogni guancia, due orizzontali sul mento e un perno sulle sue spalle vicino al collo. In vita era un ninja del Villaggio delle Cascate conosciuto da Jiraiya. Accecato da Jiraiya riesce comunque a scoprire la presenza di individui toccando il suolo. Durante l'attacco a Konoha, invece, mostra i suoi poteri: Poter leggere la mente e strappare le anime dai corpi delle persone, uccidendole così sul colpo. Assorbendo informazioni da Shizune ed uccidendola successivamente scopre il luogo d'allenamento di Naruto.